酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。一些大型设施要求100,000级（ISO 8级和9级）以上。

灌装（酒类、饮料等）
啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了ISO 5级（100级）和ISO 6级（1,000级）洁净室。

传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。

在洁净车间内生产的食品，由于其具有较高的洁净度可以保证食品不被细菌附着，但不能消除食品本身带来的细菌，因此还需要加热、喷药、照射等方式灭菌。很多食品洁净室主要用于灭菌后的冷却、切断（片）、包装等工序。